Jejím prvním přednášejícím je Angličan George Warr. V témže roce jsou provedeny první zápisy studentů do univerzitní matriky.

Císař Rudolf II. rozšířil promoční práva olomoucké jezuitské akademie i na studenty jiných univerzit, pokud se v Olomouci podrobí rigorózním zkouškám.

Na objednávku biskupa Stanislava Pavlovského jej vyrobí olomoucký zlatník David Eberth.

Rodák ze slezského Skočova a pozdější katolický kněz, mučedník a světec spjatý s Olomoucí.

Český šlechtic a politik evropského významu, pozdější vrchní velitel císařských vojsk během třicetileté války. Rodilému protestantu Valdštejnovi, konvertujícímu v zájmu své kariéry ke katolicismu, poskytují olomoučtí jezuité důkladné poučení o této víře.

Moravská evangelická šlechta se připojuje k povstání českých evangelických stavů proti Habsburkům a vypovídá řád Tovaryšstva Ježíšova z Moravy. V jezuitském konviktu je umístěna mincovna.

Po porážce stavovského povstání v bitvě na Bílé hoře se jezuité vracejí do Olomouce. Na náhradu utrpěných škod věnuje císař Ferdinand II. univerzitě statek v jihomoravských Čejkovicích a ves Kobylí. Později univerzita získává také město Nový Jičín a rozsáhlé majetky v jeho okolí. Následuje dvacetileté období rozmachu.

Následně jeden z nejvýznamnějších učenců českého baroka – literát, historik, pedagog, člen jezuitského řádu a zároveň český vlastenec. V Olomouci absolvoval poslední dva ročníky gymnázia.

Následuje osm let trvající okupace a úpadek. V říjnu 1643 uzavírají jezuité své školy a opouštějí město. Knihy z olomoucké jezuitské knihovny jsou později odvezeny přes Štětín do Stockholmu. Nyní se nacházejí v knihovnách ve Stockholmu, Upsalle, Lundu a Strängnässu. Fungování univerzity je přerušeno až do odchodu švédské okupační posádky v roce 1650.

Na teologické fakultě byla zřízena katedra kanonického práva – první historická předchůdkyně pozdější právnické fakulty.

Na základě ustanovení moravských stavů byly v Olomouci zahájeny soukromé juristické přednášky. Výuku vedl Karel Ferdinand Irmler, olomoucký rodák a dosavadní profesor práv ve Vídni. Výuku světského práva pod hlavičkou univerzity později posvětil císař Leopold I.

V prvním roce velké turecké války je Vídeň obležena stopadesátitisícovou armádou osmanské říše. V době tureckého ohrožení Moravy založili studenti olomoucké univerzity dobrovolnickou legii na obranu města. Olomouckou kolej v létě během svého tažení na pomoc Vídni navštívil polský král Jan III. Sobieski. Po porážce turecké armády u Vídně byla olomoucká studentská legie rozpuštěna.

Barokní kostel dodnes spjatý s univerzitou byl budován podle projektu architekta Michaela Kleina. Vysvěcen byl v roce 1716, práce na úpravách stavby a interiérů ovšem trvaly až do roku 1743.

4. listopadu je položen základní kámen nové budovy semináře sv. Františka Xaverského – současné hlavní budovy CMTF UP.

Budovy současného Uměleckého centra UP. Monumentální trojkřídlou budovu realizoval olomoucký stavitel Wolfgang Reich. Dosavadní gotický kostelík na jejím místě nahradila kaple Božího Těla se stropními freskami od Jana Kryštofa Handkeho a sochařskou výzdobou od Filipa Sattlera.

V Olomouci je slavnostně vysvěcen sloup Nejsvětější Trojice. Při této příležitosti město a univerzitu navštíví císař František I. Lotrinský a jeho choť Marie Terezie.

Jezuitský řád po dvou stoletích definitivně ztrácí moc nad univerzitou. Císařovna Marie Terezie jmenuje prvního rektora, který zároveň není teologem a vrchním představeným jezuitské koleje. Stává se jím profesor práv Johann Heinrich Bösenselle.

Papež Klement XIV. na nátlak části evropských panovníků rozpustil řád Tovaryšstva Ježíšova. Následkem je i reorganizace olomouckého vysokého učení, které přešlo pod přímou správu státu jako C. k. (Císařsko-královská) univerzita v Olomouci.

Rakouský císař František I. povyšuje olomoucké lyceum zpět na plnoprávnou univerzitu. Činí tak na žádost zdejšího profesorského sboru a svého bratra arcivévody Rudolfa Jana, arcibiskupa olomouckého. Obnovená univerzita má tři fakulty: filozofickou, právnickou a teologickou. Při univerzitě navíc pokračuje medicínsko-chirurgické studium, jehož profesoři rovněž mohou zastávat úřad univerzitního rektora.

Ve 30. letech 19. století jsou na fakultách postupně obnovovány volené děkanáty a následně se ustavuje akademický senát, skládající se z rektora univerzity, čtyř ředitelů studií, tří děkanů a tří seniorů jednotlivých fakult.

Jazykovědec a literární historik. Na stavovské akademii obsazuje post profesora češtiny a české literatury a stává se významným činitelem národního obrození na Moravě.

Pozdější zakladatel genetiky se na olomoucké filozofické fakultě seznamuje s prací významných přírodovědců své země a doby – Bedřicha Franze, a především Johanna Karla Nestlera, výzkumníka na poli šlechtitelství rostlin a zvířat.

Po zrušení univerzitního svazku má teologická fakulta šest řádných kateder a jednu mimořádnou katedru. V čele fakulty stáli děkan a jeden proděkan, oba volení profesorským sborem vždy na dobu jednoho roku.

Český orientalista, cestovatel a spisovatel, přezdívaný Lawrence z Moravy. Následně, roku 1904, získává na své olomoucké alma mater řádnou profesuru. Později podniká několik objevných cest na Blízký východ, jimiž se mezinárodně proslaví.

Na ceremonii 21. února se za účasti prezidenta Edvarda Beneše a představitelů vlády slavnostně zahajuje letní semestr.

V republice během únorového puče přebírají veškerou moc komunisté. Rektor Fischer v březnu vydává manifest, v němž vysloví podporu novému režimu. Zároveň se v něm přimlouvá za zachování svobody vědeckého bádání. Navzdory tomuto projevu loajality je univerzita zanedlouho podřízena dohledu Krajského akčního výboru Národní fronty.

J. L. Fischera ve vedení univerzity střídá filozofka Jiřina Popelová-Otáhalová. Stává se tak první ženou v úřadu rektora v dějinách českého školství.

Nový zákon o vysokých školách do značné míry uvolňuje dosavadní poměry na univerzitách. Téhož roku si UP poprvé sama volí nejvyšší akademické funkcionáře – rektora a tři prorektory. Na univerzitě se rovněž koná první ročník filmové přehlídky Academia Film Olomouc, která se později vyvine do podoby mezinárodního festivalu.

Akademická obec se angažuje v nadšeném pokusu o demokratizaci komunistického zřízení. V květnu se uskuteční studentský majáles, jehož králem je zvolen spisovatel Josef Škvorecký. Na podzim se studenti zapojují do protestních stávek proti sovětské okupaci Československa.

Po porážce pražského jara zavládla ve společnosti tzv. normalizace; UP se stala – stejně jako jiné vysoké školy – bedlivě sledovaným a kontrolovaným subjektem ze strany mocenského centra. Po novele vysokoškolského zákona byly zahájeny personální čistky.

V nově otevřené hale se při příležitosti 35. výročí obnovení UP koná slavnostní univerziáda.

Akademický senát přijal usnesení o zahájení činnosti Právnické fakulty UP. Jejím sídlem se stává uvolněná budova po olomouckém okresním výboru KSČ.

UP po nákladné rekonstrukci otevírá informační centrum a centrální knihovnu v budově Tereziánské zbrojnice.

Rekonstruovaná budova někdejšího „nového“ jezuitského konviktu v Univerzitní ulici začala sloužit jako Umělecké centrum UP.

Vznikla v pořadí 8. fakulta UP pod názvem Fakulta zdravotnických věd UP, která se rozhodnutím akademického senátu vyčlenila z lékařské fakulty.

V roce 2009 byl zahájen provoz v nové budově Přírodovědecké fakulty UP na Envelopě.

V mezinárodním žebříčku společnosti Thompson Reuters, každoročně srovnávajícím vědecký výkon univerzit, zaujme UP 488. příčku na světě.

Český institut výzkumu a pokročilých technologií vzniká integrací výzkumných týmů tří vědeckých center, spadajících pod přírodovědeckou a lékařskou fakultu. Ústav propojuje vědecko-výzkumné kapacity v oblasti biomedicínského výzkumu, nanotechnologií a nových materiálů a výzkumu rostlin.